Загадки GIT , need help

Краткая предыстория:
Пока я управлял слиянием веток из консоли все было +/- норм, но потом я проделал те же операции с частью веток прямо в удаленном репозитории и началось... Широко открытыми от изумления глазами я наблюдал, как из моего проекта начали исчезать одна за другой папки... Итого: из 8 папок, хранившихся в проекте, осталось 2, а 6 пропали. В сухом остатке в репозитории на гитхабе лежат все 8 папок, а в проекте - только 2. При этом просто запулить из удаленного репозитория недостающие папки не выходит.
Очень хочется двух вещей:
1) понять что произошло и почему, что бы не попасть в эту неловкую ситуацию снова.
2) понять как исправить не поправимое цивилизованными средствами.